Pro-Pay beschikt als een van de eerste loonsecretariaten over een ISAE 3402 (International Standard on Assurance Engagements, no 3402) certificatie voor de werkprocessen. Hiermee beantwoordt het aan de Sarbanes-Oxley wetgeving.

De jaarlijkse audit wordt uitgevoerd door KPMG en richt zich op het volgende:

• Controle van de omgeving
• ICT omgeving
• Veiligheidsmanagement
• Continuïteitsmanagement